Les deux établissements catholiques d’enseignement Sainte Marie – Saint Joseph implantés à Saint Benoît sur Loire sont les fruits d’un événement spirituel fondateur : le 11 octobre 1944, les moines bénédictins rétablissent la vie conventuelle à l’Abbaye de Fleury.
Après l’ouverture d’une école de filles par l’Institut séculier Sainte Marie en 1946, il est décidé en octobre 1947 d’ouvrir une école Saint Joseph, pour les garçons. Celle-ci est fondée pour répondre au désir exprimé par des parents d’assurer à leurs enfants une éducation chrétienne qui prolonge celle de la famille. Du côté du monastère, qui était aussi partie prenante, il semble que ce soit « le besoin de prendre contact avec la population et de s’enraciner dans un milieu humain, qui ait motivé la décision » (Père JEAN).
Pendant une dizaine d’années, l’école Saint Joseph dont la direction est assurée légalement par un religieux, Père VINCENT, est organisé avec une structure de classe unique dont l’enseignement est dispensé par un instituteur laïc (six maîtres vont se succéder pendant cette période).
Le Père JEAN assure l’éducation musicale et religieuse ; ce sera le début de la formation d’une chorale d’enfants de qualité.
En octobre 1958 intervient le recrutement de Monsieur Raphaël DOGNIEZ qui prend en charge la classe unique (16 élèves). Parmi eux, cinq suivent le programme de 6ème ; ils poursuivent leur scolarité en 5ème à Orléans.
Le 15 janvier 1961, visite de l’Inspecteur primaire en vue du contrat avec l’Etat.
A la rentrée de septembre 1963, L’effectif croissant permet l’ouverture d’une deuxième classe primaire. Une nouvelle institutrice enseigne alors à l’école Saint Joseph qui compte 40 élèves. Ces deux classes obtiennent le contrat avec l’Etat.
A la rentrée 1965, ouverture d’un cours complémentaire avec une classe de 6ème dont l’effectif est de 20 élèves. L’école primaire est jumelée avec Sainte Marie, et Saint-Joseph conservera en mixité les cours moyens.
La première classe de cinquième ouvrira en 1965, la première quatrième en 1971 et la première troisième en 1972.
A la rentrée 1973, le cours complémentaire compte six classes formant un ensemble de 128 élèves. Cet effectif ne permet plus de conserver les classes de cours moyens, place du Grand Arcis. C’est l’école Sainte Marie qui va assurer la totalité du cycle primaire.
En 1982 – 1983, l’établissement devenu collège (et non plus cours complémentaire) obtient le contrat d’association. Le collège Saint Joseph compte huit classes avec plus de 200 élèves.
En septembre 1998, Madame Catherine COQUELET accepte d’être l’animatrice en pastorale du collège, poste nouvellement créé. Il est à noter qu’elle accepte cette mission bénévolement.
En septembre 2003, après 25 ans passés au service de notre établissement, le Père PLACIDE, dernier moine encore présent au collège, se retire pour raison de santé. Il participait à la pastorale et à l’écoute des jeunes.
Les relations avec l’école Sainte Marie ont particulièrement évolué depuis 2001. Cette année-là, les deux OGEC fusionnent afin de mutualiser leurs moyens.
En 2004, un pas supplémentaire est franchi avec la rédaction d’un protocole de coordination entre les deux établissements catholiques de Saint Benoît Sur Loire qui permet la naissance de l’ensemble scolaire Sainte Marie – Saint Joseph.
Depuis, l’effectif du collège est resté stable préservant ainsi cette dimension humaine, qui autorise une attention et une écoute si fondamentale pour le développement de chaque jeune.
La pérennité de la qualité de l’enseignement dispensé et de l’engagement chrétien de l’établissement continue d’être la source d’un avenir prometteur.
Enfin, le collège ne pourrait vivre sans le concours des membres de sa communauté éducative laquelle comprend l’OGEC, l’APEL, le personnel administratif et de service, les bénévoles, les enseignants et les élèves
Les Chefs d’établissement et administrateurs qui ont présidé aux destinées du collège Saint Joseph sont :
- Les fondateurs : le Père VINCENT et le Père MARIANUS.
- Le Père JEAN du 5 janvier 1951 au 30 juin 1979 ; il décédera le 3 octobre 1982.
- Monsieur Raphaël DOGNIEZ de 1958 à 1983. Il tient successivement les postes d’instituteur, de professeur de lettres et d’histoire et d’administrateur aux cotes du Père Jean ; deux profils associés auxquels le collège Saint Joseph doit sa fidélité dans la création et son enracinement dans la tradition.
Auront ensuite en charge la direction du collège :
- Monsieur Alain DARDE de septembre 1974 à août 1988
- Monsieur Patrick DEROY de septembre 1988 à août 1998
- Madame Catherine CHAMPENOIS, de septembre 1998 à août 2003
- Monsieur Frédéric CAHU, de septembre 2003 à août 2007
- Monsieur Patrick CHERY de septembre 2007 à août 2012
- Monsieur Jean Baptiste BOGGIO, de septembre 2012 à 2016
- Monsieur Stéphane BRUNEL, de septembre 2016 à août 2019
- Monsieur Sébastien TROJNAR, l’actuel chef d’établissement, assure cette fonction depuis septembre 2019.
Ancien bâtiment en fond de cour (2010) 
Construction du nouveau bâtiment en fond de cour (2011)